天正7年(1579)竹中半兵衛重治は､羽柴秀吉による播磨三木城攻めの陣中にて36才の若さで病没した。その際､嫡男･重門はまだ幼く秀吉の元で養育され､菩提山城は一族の竹中重利が守った。重門が成長し岩手に戻り､天正16年(1588)菩提山東麓に平城の岩手城(のちの竹中氏陣屋)を構え､山城の菩提山城を廃したとされる。
重門は､天正12年(1584)11歳で小牧長久手合戦に従軍し､天正16年(1588)従五位下丹後守に叙任され､翌天正17年(1589)美濃国不破郡で5千石を与えられた。天正18年(1590)には小田原征伐に従軍､文禄元年(1592)の文禄の役では肥前名護屋城に駐屯､慶長2年(1597)の慶長の役では軍目付として朝鮮へ渡海､戦後には河内国内に1千石を加増されている。
慶長5年(1600)の関ケ原合戦では､西軍の犬山城の守備に召集され､郡上八幡城主稲葉貞通､黒野城主加藤貞泰､多良城主関一政らと共に犬山城に入城したが､犬山城主石川光吉に戦意はなく､東軍勢が城下に迫ると石川光吉は城を明け渡してしまい､重門ら残された援軍は井伊直政の仲介で東軍に属することとなった。
関ヶ原合戦においては､黒田長政と同陣で戦い､合戦後は伊吹山中に潜伏していた西軍の小西行長を捕縛する手柄を立て､徳川家康から直筆の感状を受け､加えて領内が戦場となったことで米千石を見舞として授けられた。この千石で築かれた外堀が､「千石堀」と呼ばれその一部が現存している。
関ヶ原合戦後は､所領の6千石(のち分知により5千石)を安堵され､幕府旗本として13代続いて明治を迎えている。