箕浦城は､箕浦庄の国人領主･今井氏の居城跡である。
箕浦庄の北部をしめる後鳥羽院御影領は､鎌倉時代には箕浦氏が地頭に補されていたが､箕浦氏が室町時代に京極高氏(道誉)によって柏原(旧山東町)に移封された後､京極氏の被官である「今井氏」の祖がこの地に補せられて住まいし､天野川流域に堀･顔戸･今井･安食･岩脇･若宮､林･寺倉･広田･新庄･井戸村等の庶流を広げ国人領主に成長した。
今井氏は､藤原秀郷の後裔と伝えられ､藤原俊綱(九郎)を祖とする。応仁の乱では美濃守高遠が京極持清に従って活躍したが､のちに京極氏の内訌に乗じて高延を要し台頭する浅井氏を嫌って､高慶(六角氏が支援)方に付き､享禄元年(1528)に浅井郡に侵攻し内保合戦を戦うも敗れ､領地を失う。享禄4年(1531)の箕浦合戦では､今井秀信(秀俊)は浅井氏に与し戦ったが､浅井亮政に六角氏への内通の嫌疑を掛けられ､天文2年(1533)に神照寺で自殺に追いやられた。
遺児の定清は一門･家来とともに六角氏に庇護を求め､敏満寺に十余年に亘り籠城を余儀なくされた。その後､浅井氏を臣従させた京極高広が六角氏との合戦に備え､今井定清を誘い箕浦城に戻したが､浅井氏が戦国大名へと成長すると､やがて浅井氏に従うようになり､元亀元年(1570)6月28日の姉川合戦では､浅井方として戦ったが敗れて失脚した。
元亀2年(1571)には､浅井方から寝返った堀･樋口氏がこの城に入った。浅井長政は､これに対し江北十ケ寺の一向一揆勢の力を借りて5千の軍勢で堀秀村の箕浦城を攻撃した。横山城の木下藤吉郎はこれを知り箕浦へかけつけ､一揆勢を中心とした浅井軍は統率がとれず余儀なく後退し､下長沢やさいかち浜､下坂浜､今浜で衝突をくりかえしたが､わずか5･6百の木下藤吉郎・堀秀村軍に敗れた。これが箕浦合戦である。