天正16年(1588)に徳川家康が上洛した際､柏原では西村家に休息し､以後中仙道通過の際の慣例となったが､通過が頻繁になったため､元和9年(1623)2代将軍秀忠が休泊所として殿舎を造営し､御殿番を置いて守備した。その後､幕府の勢力伸張とともに将軍上洛は減少し､3代将軍家光の上洛以降は将軍の上洛が無くなり､元禄2年(1689)に御殿は廃止された。存続した65年間に14回の使用記録が残っている。
近江（滋賀県)には､柏原御殿の他に永原御殿(野洲町)､水口御殿(水口町)が設けられ｢近江三御殿｣と称され､これに加えて休息所として伊庭御殿(能登川町)がある。柏原の勝専寺の門は､御殿からの移築門と伝えられる。