新村城は､新村氏の居城である。
元亀元年(1570)6月の姉川合戦後の9月に石山本願寺第11世法主顕如は､三好三人衆および浅井・朝倉氏と手を結び､各地の一向宗徒に檄を飛ばして織田信長に宣戦し､ここに大坂石山本願寺を拠点にした10年におよぶ石山合戦が始まった。近江の一向宗徒は､金ヶ森城を中心に､志村城や小川城に立て籠もって織田信長に対抗するが､元亀2年(1571)8､9月に信長は佐久間盛政､中川清秀､柴田勝家､丹羽長秀に命じ小川城･新村城を攻め､落城させた。