小川氏の居城である。小川氏は､六角氏の重臣で佐和山城主であったが､六角氏の衰退後には小川城を居城として浅井氏に従った。
｢信長公記｣によれば､元亀2年(1571)9月朔日に隣の志村城(新村城)を佐久間信盛・中川重政・柴田勝家・丹羽長秀が四方から攻め立て落城させ､小川城にも織田信長に敵対する一揆が循籠もっていたが､新村城の落城によって､城主小川孫一郎は人質を進上して降参し､信長に赦免された。
降参後は信長の旗本に取り立てられ､後に豊臣秀吉にも仕え伊予の国(愛媛県)今治に7万石の所領を得たが､関ヶ原合戦(1600)で西軍として2500人の軍兵を率い従軍､小早川秀秋の寝返りに呼応したが､戦後に通款を明らかにしなかったことを咎められ改易された。