慶長5年(1600)の関ヶ原合戦の論功行賞によって石田三成の旧領は井伊直政に与えられ､上野国高崎から18万石で入封した。直政は一旦､佐和山城に入城し､新城の築城を計画したが､同7年に関ヶ原合戦の鉄砲傷が悪化し死去した。嫡子直継は幼少で､補佐する家老木俣土佐は彦根山への新城の築城について家康の裁可を得て同9年より工事が開始された。
築城に際し幕府は3人の奉行を派遣し､7ｶ国12大名に助役を命じる天下普請であった。彦根築城は大坂城の豊臣秀頼への押えとして完成が急がれ､石材は近隣の城や寺などから集められ､天守も「不落目出度殿主」として大津城の天守を賜り､移築したものと伝えられる。これが前期工事で本丸や鐘の丸など内堀以内の主要部分が同12年までに築かれた。
元和元年(1615)の大坂夏の陣によって元和偃武を迎えると同2年より直孝によって後期の築城工事が再開された。後期工事は彦根藩単独で進められ､三重の堀を築き､内郭の重臣屋敷を第2郭へ移し､跡地に表御殿や山崎丸などが造営され､第3郭の城下町の町割もほぼ完成を見た。それは同8年(1622)であった。