創建期などについては定かでないようであるが､当城の北西にある饗庭野丘陵の東南端に建つ清水山城の出城として築城されたと伝承され､初期には清水山城主佐々木越中氏の一族である新庄伊賀守実秀が城主であったと考えられている。
永正年間(1504〜20)には京極氏の臣浅見対馬守俊孝が､永禄年間(1558〜69)には佐々木越中守の臣多胡上野久秀や多胡但馬定信が城主として当地域を支配していたようである。
その後､元亀元年(1570)4月の織田信長による朝倉攻めに際し､江北の浅井長政が信長に反旗を翻して､背後から挟撃したことをきっかけに信長と反信長勢力との激しい抗争が各地に展開され､同年6月姉川合戦､9月坂本合戦に始まる志賀の陣､元亀2年(1572)9月比叡山延暦寺焼き討ち､元亀3､4年の二度に亘る高島侵攻で信長は湖西地方を手中にし､多胡宗右衛門に本知を安堵している。
天正元年(1573)小谷城に浅井氏を滅ぼした信長は､新知を浅井氏の降将である磯野員昌に与え､当城に入れ郡内を支配させた。しかし､天正6年(1578)員昌は信長の上意に違背して逐電すると､養子の織田信澄が当城の城主となり､大溝城を築城し城下を移したため､新庄城は廃城になったと推測されている。