戦国大名であった最上義光は､天正18年(1590)に豊臣秀吉の小田原征伐を機に秀吉に臣従し､領土を安堵され24万石を領した。慶長5年(1600)の関ヶ原の戦いに伴う慶長出羽合戦の恩賞として加増され､出羽国57万石の大大名となった。
しかし､最上義光の死後､元和8年(1622)に家督争いがもとで、所領を没収され､近江国および三河国にそれぞれ5千石の知行を許された孫の最上義俊が､近江大森藩一万石を立藩した。
その後､寛永8年(1631)最上義智が継承する際､幼少を理由に5千石を削られ､近江領5千石のみを領する旗本となるが､寛永13年(1636)交代寄合の格式を許され､明暦元年(1655)には初めて領地に赴任する許可を得え､大森村に陣屋を構え､明治維新まで続いた。