雲林院城は､安濃川の南岸に北東に張り出した標高250ｍの丘陵頂部に築かれている。
頂部から尾根筋が南に伸び小ピークがある。頂部に主郭部を置き､南の小ピークに出郭を配している。北と南のピークからは支尾根が東方向に延び､それら支尾根にも幾つかの郭が構えられており､城は「コの字」形をしている。なお､北のピークからは北東方向にも支尾根が派生しており､こちらにも幾段かの郭が設けられている。
東方向の支尾根筋が大手で､先端に残存する明瞭な虎口を入ると､緩やかな斜面の下方は比較的大きい段郭が5､6段あり､傾斜が急になる上方は極小の段郭が5段程続き､主郭との間に堀切が入れられている。
主郭は､薄っすらとした土塁が廻り､北西隅が一段高く櫓台となっている。西側には帯郭が付帯し､南側は二重堀切が入れられている。その先は鞍部を経て出郭があるが､探索できていない。
しかし､出郭は三方を土塁で囲んだ「Ｕの字」形の郭で､要塞の様な造りが素晴らしいようだ。さらに東に細長く削平地が続き､その先に東支尾根の堀切よりも鋭く大規模な大堀切があり､南からの侵入に厳しく備えているようである。