韮山城は､伊豆半島を南北に縦貫する山地が西方の田方平野へ張り出す突端の一角に築かれている。丘陵の突端部は､南北に細長く､東西の斜面は急崖で､東麓には大きな池があり､西麓には当時は狩野川の支流が流れ､天然の要害地形であった。さらに池を挟んで東側に和田砦､その南にひときわ高い天ヶ岳砦､また､その南側に和田島砦､土手和田砦などが韮山城を取り囲み､難攻不落の城砦群を形成していた。
東麓の城池の北西角から西に向け比高で10ｍ強も登れば北端に位置する三の郭とその南側の権現郭の間に構えられた桝形虎口に至る。全体の構造は､北から南へ階段状に「三の郭」､「権現郭」､「二の郭」､「本郭」､「南郭」と配置された連郭式の丘城である。山腹から山麓には大小の腰郭や帯郭も付帯し､特にそれらは権現郭と二の郭の東側に集中している。また､三の郭の西山麓に広がる韮山高校の敷地は､「御座所」と呼ばれ館跡とされる。
三の郭は､最も低く周囲に高さ5ｍ程の高土塁が廻らされた東西約30ｍ､南北約100ｍの郭で､現在は韮山高校のテニスコートになっている。三の郭の南側は二条の空堀で､北端の山腹を掘り込んで桝形虎口が設けられている。その空堀の南側は､高さ50cmの土塁が四囲を廻る二段築成の権現郭で､西側に現在は熊野神社が鎮座している。権現郭南側の土塁は上幅が最大10ｍもあり櫓台として使用されたと思われる。そこから12ｍ程高くなった所が二の郭で､低い土塁が廻る。二の郭南側が本丸となるが､間に堀切があり土橋を渡ると東面に土塁を伴った犬走が約50ｍ南へ伸び､犬走北端の東側に本丸､南端に塩倉が構えられている。
南郭の北側にあるのが塩倉で､北西隅に虎口が開く､土塁囲みの穴蔵状の小郭である。塩倉の南に二つの小郭が続き､その南下方に腰郭があり､さらに下方に南面を覆う長大な腰郭が構えられ､厳重な防備としている。
韮山城は､比高が13ｍから35ｍ程の南北400ｍ､東西100ｍ程の細尾根に築かれた丘城であるが､豊臣軍4万4千をわずか3千6百の城兵で3ヶ月も守りきった事実は､この丘城の要害性を如何なくものがたるもので､城跡に立てば現在もその片鱗を十分に感じることができる。