江戸時代初期に記された『慶長古図』に「内堀源太左衛門が居城した」とあるが､詳細は不明である。しかし､その立地から山内城の前衛の城と推測されている。

内堀城は､内山渓谷の入口に岬状に北から南に向け突き出した支尾根先端(標高781ｍ､比高77ｍ）に築かれており､南対面には平賀城があり､共に内山城の前衛の城という位置にある。
構造は､先端頂部の平坦地の西側に土塁を構え区画し､その区画内の西寄りに南北方向の仕切土塁を入れ､土塁の東側を主郭､西側を二郭としている。主郭の北側も土塁を巡らし､北西隅を開口し虎口としている。なお､二郭は主郭虎口の桝形の役割も果たす造りである。
二郭の西側は少し傾斜のある平坦地が続き､中程に僅かな段差があり上下に分かれている。西端は1ｍ程の段差で落ちる。この平坦地の東側上段は東西方向の低土塁で区画されている。
これら郭の南側から東側の斜面は切り立った岩が露出し容易に登ることはできない。主郭の北斜面には所々に石積が見られ､土塁も石葺きされている。
尾根続きの西側の遮断が1ｍ程の切岸と二郭の土塁だけであり､あまりにも貧弱である。